Sistem distribusi Indomaret menerapkan teknologi yang canggih dengan menggunakan digital picking system yang memungkinkan Indomaret menjalankan distribusi dengan andal, canggih, dan efisien. Dengan dukungan sumber daya manusia yang ahli di bidangnya, distribusi ke seluruh gerai Indomaret dapat terlayani dengan baik sehingga Pusat Distribusi Indomaret menjadi salah satu yang terbaik di Indonesia.

Pada saat ini Indomaret memiliki 33 pusat distribusi yang merupakan sentral pengadaan produk untuk lebih dari 16.000 gerai Indomaret. Pusat Distribusi Indomaret berada di Jakarta, Tangerang, Bekasi, Bogor, Parung, Bandung, Cirebon, Purwakarta, Semarang, Yogjakarta, Surabaya, Gresik, Jember, Malang, Lampung, Palembang, Medan, Samarinda, Pontianak, Pekanbaru, Banjarmasin, Manado, Makassar, Denpasar, Batam dan Mataram.